Nakon dolaska komunista na vlast, odbio je odvojiti Katoličku Crkvu u Hrvatskoj od Vatikana. U montiranom procesu osuđen je na 16 godina zatvora i prisilnog rada. Umro je na glasu svetosti i mučeništva primivši svete sakramente, a pokopan je u zagrebačkoj katedrali. Njegov je grob mjesto neprekidne molitve i vrelo uslišanja.
Papa Ivan Pavao II. proglasio ga je blaženim 3. listopada 1998. godine u Mariji Bistrici. U nastavku procesa kanonizacije kardinal Angelo Amato obznanio je da je liječničko povjerenstvo Kongregacije za kauze svetaca utvrdilo novi slučaj čudesnog izlječenja po Stepinčevu zagovoru, čime se ostvaruju uvjeti za proglašenje Stepinca svetim.
Svojim je životom posvjedočio da je bio istinski borac za ljudska prava, a to je pokazao borbom protiv totalitarizma. Hrabro se suočio s povijesnim izazovima, proročki je prikazivao razorne moći svih ideologija. Svi prognani zbog vjere te rasne, klasne ili nacionalne ideologije u njemu su imali svoga zaštitnika, a osuđivao je svaki oblik diskriminacije. Gorljivo je promicao pobožnost prema euharistiji, a često je govorio da onome tko se drži Isusa biva sve lako. Živio je od Božje riječi i njome nadahnut hrabrio druge, a upravo to ga je i približilo vjernicima.
foto:Zoran Cindrić/Stjepan Zec
